L'Atlante della laguna è una banca dati cooperante di informazioni ambientali sull'ecosistema della laguna di Venezia che l'Osservatorio Naturalistico ha iniziato a raccogliere nel 2003, con la finalità, tra le altre, di realizzare un Atlante della laguna che contenesse per la prima volta dati organizzati provenienti da enti ed istituti di ricerca sparsi nel territorio comunale, ciascuno dei quali specializzato in una disciplina particolare e quindi con una visione parziale del territorio e dell’ambiente lagunare.

Gli strumenti/prodotti principali dell'Atlante della laguna messi attualmente disposizione del  pubblico sono i seguenti:

	Atlante della laguna: Venezia tra terra e mare (2006)				Atlante dinamico
	Il contenuto integrale della prima versione dell'Atlante della laguna, così come pubblicato nell'omonimo libro edito dalla Marsilio nel 2006, con 103 mappe navigabili, in italiano e in inglese				La versione dinamica è un'evoluzione dell'Atlante 2006 . Attualmente in fase sperimentale, ma in continuo aggiornamento. Si basa sulla condivisione dei dati geografici fra enti diversi.